Les micro-organismes jouent un rôle sans équivoque dans l'infection du système canalaire. Les infections endodontiques surviennent et progressent lorsque le système canalaire est exposé à l'environnement buccal pour une raison ou une autre et simultanément lorsque la réponse immunitaire de l'organisme diminue. L'objectif principal de la thérapie endodontique est de créer un environnement biologiquement approprié à l'intérieur du système canalaire qui soit propice à la guérison et au maintien de la santé des tissus périradiculaires. Les bactéries sont l'un des principaux facteurs à l'origine des troubles des tissus pulpaires, car elles envahissent l'espace endodontique par diverses voies, notamment les lésions carieuses, l'exposition traumatique de la pulpe, la circulation sanguine ou les tissus adjacents. Les bactéries présentes dans la pathogenèse des maladies endodontiques vont des anaérobies facultatifs aux aérobies, en passant par les espèces les plus résistantes, capables de survivre à des conditions défavorables dans le milieu environnant. En utilisant l'irrigation, l'action mécanique et les propriétés antibactériennes des solutions d'irrigation, l'éradication des bactéries et le succès du traitement postendodontique sont assurés.