Ihr Werk wurde unter anderem mit dem Fontane-Preis der Stadt Berlin, mit dem Heinrich-Böll-Preis, dem Hubert-Fichte-Preis und dem Joseph-Breitbach-Preis ausgezeichnet. 2004 erschien ihr von der Kritik gefeierter Roman "Verlangen nach Musik und Gebirge". Im gleichen Jahr erhielt sie den Mörike-Preis der Stadt Fellbach für ihr Gesamtwerk zuerkannt, und 2004 den Grimmelshausen-Preis für den Roman "Teufelsbrück".
2005 wurde ihr der Bremer Literaturpreis für den Roman "Verlangen nach Musik und Gebirge" verliehen. 2005 hat Brigitte Kronauer den Büchner-Preis der Darmstädter Akademie erhalten.