Werner Pepels studierte nach kaufmännischer Berufsausbildung Wirtschaft und Wirtschaftswissenschaften mit den Abschlüssen Diplom-Betriebswirt und Diplom-Kaufmann. Anschließend war er zwölf Jahre als Key Account-Berater tätig, davon drei Jahre als Geschäftsführender Gesellschafter (Partner) in einem der größten rein deutschen Marketingberatungsunternehmen.
1989 wurde er zum Professor für Betriebswirtschaftlehre ernannt und ist seither im Studienschwerpunkt Marketing tätig. Er hat zahlreiche Beiträge zu Themen aus Marketing und Management veröffentlicht und zählt im deutschsprachigen Raum mit 170.000 Exemplaren zu den meistverkauften Fachautoren in diesem Bereich.