Als er im Alter von neun Jahren zum ersten Mal bewusst eine Beatles-Platte hörte, erlag er auf Anhieb der Faszination der Musik. Klavierunterricht, Gitarre und Fagott führten über diverse regionale Bandprojekte schließlich zum klassischen Musikstudium an der staatlichen Hochschule für Musik und Theater in Mannheim. Nach dem Konzertexamen und einigen Jahren als Berufsmusiker wechselte er 1982 von der Bühne zum Radio und begann die Arbeit als Musikredakteur beim Süddeutschen Rundfunk in Stuttgart.
Mit der Fusion von SDR und SWF wechselte Köhler 1998 zu SWR 1 - Rheinland-Pfalz in Mainz mit dem Schwerpunkt Musikjournalismus. Unzählige seiner Musikprogramme, Beiträge, Interviews und Musik-Features wurden inzwischen ausgestrahlt.
2016 startete SWR1 die erfolgreiche Hörfunk-Serie "Hits & Storys" in denen Werner Köhler die Hintergründe und Entstehungsgeschichte großer Popsongs erzählt.
