Karl Schlögel wird am 7. März 1948 in Hawangen im bayerischen Allgäu in eine Bauernfamilie geboren. Früh beginnt sein Interesse für Osteuropa: 1966 reist er erstmals in die Sowjetunion, 1968 erlebt er den Prager Frühling persönlich eine Erfahrung, die ihn nach eigener Aussage aus der Enge der westdeutschen Nachkriegsrealität in einen anderen Erfahrungs- und Denkraum führt. Nach Internat und Zivildienst beginnt Schlögel 1969 an der Freien Universität Berlin ein Studium der osteuropäischen Geschichte, Philosophie, Soziologie und Slawistik. Nach dem Ende der Studentenbewegung ist er zeitweise in der maoistischen KPD aktiv. 1981 promoviert er an der FU mit einer Dissertation über Arbeiterkonflikte in der Sowjetunion.
Früh schon bildet die Auseinandersetzung mit dem Alltag in Russland und in der Sowjetunion einen Schwerpunkt seiner Arbeit. Aufenthalte in Moskau (1982/83) und Leningrad (1987) prägen seine Forschung und die daraus entstehenden Publikationen. Mit Artikeln in großen deutschen Zeitungen und ersten Buchveröffentlichungen macht er sich als profunder Kenner Osteuropas einen Namen.
Bereits in Moskau lesen (1984) wird seine ungewöhnliche Herangehensweise, eigene Erfahrungen und Wahrnehmungen in seine Schriften einzubauen, deutlich. In den folgenden Jahren dehnt er seinen Blick auf ganz Ostmitteleuropa aus. In dem Essayband Promenade in Jalta und andere Städtebilder (2001) sowie in weiteren Büchern beschreibt er, wie sich das östliche Europa aus eigener Kraft regeneriert. Weitere Schwerpunkte seiner Forschung bilden die Spuren deutscher Geschichte im osteuropäischen Raum sowie Flucht- und Wanderbewegungen in diesem Gebiet. Er hebt dabei früher als andere hervor, dass Osteuropa zum kulturellen Bestand Gesamteuropas gehört.
Von 1990 bis 1994 ist Karl Schlögel Professor für Osteuropäische Geschichte an der Universität Konstanz, von 1994 bis zu seiner Emeritierung im Jahr 2013 an der Europa-Universität Viadrina in Frankfurt (Oder). Dort baut er den Lehrstuhl maßgeblich mit auf und prägt die Beschäftigung mit Osteuropa als interdisziplinäres und kulturgeschichtlich orientiertes Fach. Schlögel ist dafür bekannt, Forschung und Lehre eng zu verbinden und Studierende u. a. durch Exkursionen für die historischen, kulturellen und politischen Zusammenhänge Osteuropas zu sensibilisieren von der Geschichte der Städte und Alltagskulturen bis hin zu Fragen der Erinnerungspolitik und aktuellen geopolitischen Entwicklungen. Über seine Professur hinaus ist er als Gastdozent und Redner an Hochschulen im Ausland aktiv und bringt sein Wissen in die öffentliche Debatte ein.
Eine Systematisierung seiner Arbeit legt Karl Schlögel in dem Werk Im Raume lesen wir die Zeit (2003) vor. Geschichte, so der Tenor des Buches, ereignet sich nicht nur in der Zeit, sondern auch im Raum. Dabei sollten neben theoretischem Diskurs, der statistischen Empirie und der Ereignisgeschichte die Beschreibung der Lebenswirklichkeit und deren subjektive Wahrnehmung eine größere Rolle spielen. Mit Marjampole (2005) greift er diese Perspektive auf: Das litauische Provinzstädtchen wird für ihn zum Symbol einer neuen, verbindenden europäischen Alltagskultur. 2006 folgt Planet der Nomaden , eine Reflexion über Migration im Zeichen der Globalisierung. Für sein Buch Terror und Traum. Moskau 1937 (2008), in dem er die Gleichzeitigkeit von Utopie und Gewalt in der Stalinzeit thematisiert, wird ihm 2009 der Leipziger Buchpreis zur Europäischen Verständigung zugesprochen. Im selben Jahr hält er die Laudatio auf den italienischen Friedenspreisträger Claudio Magris.
Der von ihm herausgegebene Sammelband Neue Wege in ein neues Europa (2009) erzählt Europas Geschichte aus der Sicht von Mobilität und Verkehr. 2011 erscheint Moskau lesen neu, ergänzt um Beobachtungen aus über zwei Jahrzehnten ein dokumentarisches Porträt einer Stadt zwischen sowjetischer Erblast und postsowjetischem Aufbruch. Mit Grenzland Europa (2013), einer Sammlung von Essays und Reden, in denen er die Leistung der Menschen Osteuropas in den Vordergrund stellt, ohne die ein neues Europa nicht zustande kommt, weitet Schlögel den Blick auf die osteuropäischen Umbrüche nach 1989. Bei der Friedenspreisverleihung an Swetlana Alexijewitsch hält er ein weiteres Mal eine Laudatio in der Frankfurter Paulskirche.
Zum 100. Jahrestag der Oktoberrevolution erscheint 2017 sein monumentales Werk Das sowjetische Jahrhundert. Archäologie einer untergegangenen Welt . Auf rund 900 Seiten verdichtet Schlögel jahrzehntelange Recherchen zu einer archäologischen Enzyklopädie der sowjetischen Lebenswelt. Das Werk erhält den Preis der Leipziger Buchmesse. In Der Duft der Imperien (2020) skizziert Schlögel, ausgehend von den Parfums Rotes Moskau und Chanel N°5 , eine olfaktorische Geschichte des 20. Jahrhunderts. Von sowjetisch-amerikanischen Affinitäten und Differenzen handelt Schlögels letztes Buch American Matrix (2023).
Die politischen Umbrüche im postsowjetischen Raum begleitet Schlögel auch als öffentlicher Intellektueller. 2014 reist er in die Ukraine, um sich selbst ein Bild vom Konflikt nach der Besetzung der Krim zu machen. Aus dieser Erfahrung entsteht Entscheidung in Kiew (2015) und im selben Jahr Der Russland-Reflex , in dem er mit der Bürgerrechtlerin Irina Scherbakowa den Wandel in Russland reflektiert.
Seit Beginn von Putins Angriffskrieg auf die Ukraine 2022 wendet sich Schlögel gegen dessen geschichtspolitische Begründung. Putin propagiere seit Jahren die Russkij Mir , die russische Welt , ein imperiales und völkisches Konzept, demzufolge überall dort, wo Russ*innen leben und Russisch gesprochen wird, ein Recht Russlands auf Intervention bestehe. Die Annexion der Krim bewegt Karl Schlögel dazu, sich aufs Neue mit der Geschichte und Identität der Ukraine auseinanderzusetzen. Er kritisiert Putins Versuch, die Ukraine als eigenständige Nation auszulöschen, und sieht darin eine imperiale Fortsetzung des sowjetischen Erbes, das nie aufgearbeitet wurde. Forderungen nach Verhandlungen ohne Waffenhilfe hält Schlögel für naiv und geschichtsvergessen, solange Russland die Ukraine weiter angreift und Völkerrecht bricht. Seitdem profiliert er sich als streitbarer Kritiker Putins und als Stimme für eine souveräne Ukraine.