Yamamoto Tsunetomo wurde 1659 als sechstes Kind von Yamamoto Jin uemon Shigezumi in der Provinz Saga geboren, einige Jahrzehnte nachdem Tokugawa Ieyasu die Kontrolle über ganz Japan gewonnen hatte, das zuvor einem langem Bürgerkrieg ausgesetzt gewesen war. Tsunetomos Vater, der im Jahre 1638 gegen die revoltierende Christen-Miliz gekämpft hatte, ermutigte seinen Sohn immer wieder, ein Samurai zu werden. Im Alter von neun Jahren wurde Tsunetomo als Junior-Knappe in den Dienst von Nabeshima Mitsushige berufen, dem zweiten Fürsten des Nabeshima-Klans. Aufgrund seines literarischen Talentes stieg er mit 19 Jahren zum Assistenz-Schreiber Mitsushiges auf. Kurz danach wurde er aber entlassen und kehrte erst mit 28 Jahren auf den Posten eines Schreibers auf dem Klansgrund bei Edo (Tokio) zurück. Verunsichert suchte er den Rat des bekannten Zen-Meisters Tannen, dessen Sicht sich in Yamamotos Auffassung der degenerierenden Gesellschaft und Leerheit der Welt wiederfindet. Einen weiteren wichtigen Einfluss übte der herausragende Konfuzianer Ishida Ittei aus (beide Namen findet man im Hagakure wieder), der Yamamoto die Idee eingab, selbst als Einzelkämpfer den ganzen Klan retten zu können.
Fürst Mitsushige starb im Jahre 1700. Yamamotos Status war der eines Vasallen der mittleren Schicht. Erst in seinen Fünfzigern hätte Yamamoto in den Ältestenrat berufen werden können, wie es sein Wunsch war. Weil er jedoch beim Tod seines Fürsten erst 42 Jahre alt war, wäre er diesem normalerweise durch seppuku in den Tod gefolgt, denn Yamamoto fühlte sich dem Fürsten emotional stark verbunden. Doch ein Dekret aus dem Jahr 1661, von eben diesem Fürsten erlassen, verbot dies. Yamamoto musste sich entscheiden, dem Sohn des Fürsten zu dienen oder Mönch zu werden, und tat Letzteres. Er zog sich in eine Klause bei Kurotsuchibara zurück, einige Kilometer vom Klans-Grund in Saga entfernt.
Zehn Jahre später wurde diese Klause vom 38-jährigen Tashiro Tsuramoto betreten, dessen verzweifelte Suche nach Wahrheit fehlgeschlagen war. Auch er war einst Schreiber und aus ihm unbekannten Gründen entlassen worden. Beeindruckt von Yamamotos Anekdoten und Lehren, blieb er ihm (wahrscheinlich) sieben Jahre lang verbunden (1710-1716) und verfasste ein elfbändiges Werk mit Yamamotos Vermächtnis und (wohl auch) seinen eigenen Ergänzungen. Yamamoto wies Tashiro an, die Originalbände zu verbrennen, weshalb wohl keine mehr existieren. Das Hagakure kursierte jedoch handkopiert unter der Jugend des Saga-Klans. Yamamoto Tsunetomo starb 1719.
