1629 begibt sich die neunjährige Mayken mit ihrem Kindermädchen auf eine abenteuerliche Reise. Auf dem berühmtesten Schiff der holländisch-indischen Kompanie, der Batavia, will sie nach Java zu ihrem Vater, an den sie sich kaum noch erinnern kann. Fasziniert von dem Leben an Bord, erobert sie mit ihrer Neugier das riesige Schiff und gewinnt Freunde, wahre und falsche, auf Deck und unter Deck. Freunde, die ihr helfen zu überleben, als das Schiff auf ein Riff aufläuft und Chaos und Terror ausbrechen.
1989 ist der neunjährige Gil fasziniert von dem Schiffswrack der Batavia, das Wissenschaftler an der Küste vor einer kleinen Insel zu bergen versuchen. Seit dem Tod seiner Mutter lebt der Junge bei seinem Großvater, einem wortkargen Fischer, mit dem auf der Insel keiner etwas zu tun haben will. Das Leben mit dem alten Mann verstärkt in dem schüchternen Jungen das Gefühl der Einsamkeit. Doch vor allem bedrückt ihn, dass er nicht über die Geschehnisse nach dem Tod seiner Mutter reden kann.
