Als die Brüder Edward und Alphonse Elric versuchen, ihre vestorbene Mutter zu transmutieren, müssen sie den Preis dafür zahlen: Edward verliert seinen rechten Arm und sein linkes Bein und Alphonse seinen kompletten Körper. Während Edward fortan kybernetische Prothesen, eine sogenannte Automail, trägt, wurde Alphonses Bewusstsein in eine kalte, metallene Rüstung transferiert. Um ihre Körper wiederzuerlangen, müssen die Brüder den sagenumwobenen Stein der Weisen finden. Doch die Suche gestaltet sich schwieriger als erwartet, viele Gefahren und bösartige Feinde sind ihnen im Weg